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Hi-C 互作

Hi-C 互作

技术简介
Hi-C技术以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息学方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系;通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获,获得高分辨率的染色质三维结构信息,并与ChIP-seq、转录组数据联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。


2 实验流程



 

3 分析流程


4 主要结果
4.1 测序质量评估
4.2 迭代比对及过滤
4.3 互作矩阵构建及校正
4.4 TAD 结构分析
4.5 显著互作位点分析
4.6 样本间显著互作的比较


染色体结构三维建模 

 

两样本差异矩阵全局互作热图 


两样本TADs Insulator差异图
 


 差异矩阵与多组学联合展示图


5 参考文献
1. Lieberman-Aiden E, Van Berkum N L, Williams L, et al. Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome[J]. Science, 2009, 326(5950): 289-293.
2. Kalhor R, Tjong H, Jayathilaka N, et al. Genome architectures revealed by tethered chromosome conformation capture and population-based modeling[J]. Nature biotechnology, 2012, 30(1): 90-98.
3. Rao S S P, Huntley M H, Durand N C, et al. A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping[J]. Cell, 2014, 159(7): 1665-1680.
4. Nagano T, Várnai C, Schoenfelder S, et al. Comparison of Hi-C results using in-solution versus in-nucleus ligation[J]. Genome biology, 2015, 16(1): 175.
5. Liang Z, Li G, Wang Z, et al. BL-Hi-C is an efficient and sensitive approach for capturing structural and regulatory chromatin interactions[J]. Nature Communications, 2017, 8(1): 1622.


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