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宏转录组

宏转录组

技术简介
宏转录组学是在转录水平,以特定样本中微生物群落的全部转录本为研究对象,分析微生物群落的基因表达与调控。宏转录组测序,避开了微生物的分离培养,并且有效剔除了死亡微生物的相关信息,为科研人员提供了从整体水平研究特定环境,特定时期微生物群落基因组转录情况以及转录调控规律的高效工具。

2 实验流程

宏转录组实验流程.png


3 样品准备

样本类型土壤/污泥粪便血液
样本要求 5-10g 3-5g 10ml


4.分析内容(标准分析部分)

分析内容解决问题
原始测序数据质量评估过滤掉低质量数据,保证数据质量
De novo从头组装数据拼接
基因预测进行基因预测及相关性分析
物种、功能注释物种、基因功能注释及相关分析
CARD耐药相关基因相关分析
CAZy-碳水化合物活性酶注释基因筛选和CAZy功能筛选等数据过滤
差异表达分析菌在特定时间下的基因表达情况

 



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